Criada em 29 de Maio de 1854 

Arraial do Cubatão, foi denominado o arraial que começou a ser formado por famílias que emigraram do litoral e das Freguesias de São José e Enseada de Brito, no princípio do Século XVIII, com a finalidade de estabelecer um entreposto comercial com a região serrana. O embrião inicial foi crescendo, pois havia a necessidade de se produzir farinha, açúcar e outros gêneros alimentícios de natureza agrícola, procurados pelos comerciantes da região serrana. Mais tarde fixaram-se no arraial cerca de 30 famílias de alemães, que se retiraram da Colônia de Teresópolis.

Pelos anos de 1832 a 1839 foi levantada uma Capela em honra a Sant’Ana, no lugar denominado “Morro da Tapema”. Foi nesta Capela que, em outubro de 1845, os Imperadores do Brasil foram festivamente recebidos e onde foi cantado solene “Te Deum”, oficiado pelo Vigário de São José Padre Macário de Alexandria e Souza.

Em 1850, encontrando-se a Capela de Sant’Ana em precárias condições, foi iniciada a construção de uma outra, no mesmo local, que veio a ser a igreja matriz.

A povoação permaneceu na condição de Arraial, até 29 de maio de 1854, quando, pela Lei Provincial nº 371, foi elevada à categoria de Freguesia, com a conseqüente criação de Paróquia, sob a invocação de Santo Amaro. Serviu de igreja matriz a então Capela de Sant’Ana existente no Arraial. Por esta Lei foram também fixados os limites da nova Paróquia, desmembrada da Paróquia de São José, como sendo: “a foz do Rio do Braço e morro do Balthazar ao Norte, e deste em direção ao morro do Pagará, seguindo até o da Taquara ao Oeste”. Por Decreto de 15 de Março de 1856, nº 403, os limites anteriores foram ampliados, compreendendo também o território do lado d’oeste do rio denominado Braço São João, desmembrado da freguesia de Enseada de Brito”.

Com o intuito de atender os imigrantes católicos alemães, em 1861, fixou residência em Teresópolis, hoje pertencente à Paróquia de Santo Amaro, Frei Guilherme Roer OFM, dando início à primeira comunidade Franciscana em Santa Catarina. Pela Lei Provincial nº 628, de 11 de junho de 1869, era criado o Curato de Teresópolis. A partir dali foram, por longos anos, atendidos os católicos, principalmente alemães, residentes nas regiões que, passando por Rancho Queimado, São Bonifácio e Anitápolis, iam até Braço do Norte e São Ludgero, no sul do Estado. Em 10 de julho de 1891, para cá voltaram os Padres Franciscanos, em Santa Catarina, de onde partiram para reativar e criar comunidades Franciscanas pelo Brasil, o que se convencionou chamar “Restauração das antigas Províncias da Imaculada Conceição (Sul do Brasil) e Santo Antônio (Norte do Brasil)”, praticamente inativas graças à política anti-religiosa do Império.

Através do Decreto 184, de 24 de abril de 1894 que cria o Município de Palhoça, Santo Amaro é desmembrada de São José para, juntamente com a Enseada de Brito, formar o recém criado Município.

A partir de 1890 a Paróquia de Nossa Senhora do Rosário, de Enseada de Brito, passou a integrar o território da Paróquia de Santo Amaro, situação que se manteve até 1967, quando foi criada a Paróquia do Sagrado Coração de Jesus, de Paulo Lopes.

Em maio de 1900 os Padres Franciscanos assumiram definitivamente a Paróquia.

A atual igreja matriz, que teve sua construção iniciada em 1907, foi inaugurada e solenemente consagrada a 12 de novembro de 1911, em cerimônia presidida pelo Bispo Diocesano Dom João Becker e que contou com a presença do Governador do Estado.

Em 1930, Frei Clemente Tambosi OFM, pedia “licença para ampliar a Residência dos P.P. Franciscanos, por ser a actual muito apertada, ligando-a com a nova ala da Igreja Matriz”.

Em 08 de abril de 1921 a Paróquia de Santo Amaro cede parte de seu território para a criação da Paróquia de Nossa Senhora da Imaculada Conceição, de Angelina.

Em 1924 foi substituído o altar mor da igreja matriz, uma vez que o antigo se encontrava totalmente destruído pelo cupim.

Até chegar à atual denominação, Santo Amaro da Imperatriz, o então Arraial do Cubatão foi conhecido como: Arraial de Sant’Ana do Cubatão, em homenagem à sua Padroeira, nome que conservou até 1943. Neste ano, passou a ser conhecido como Cambirela, até que, em 1949, recebeu a atual denominação: Santo Amaro da Imperatriz.

Pela Lei nº 344, de 6 de janeiro de 1958, Santo Amaro da Imperatriz é elevado à categoria de Município, com território desmembrado do Município de Palhoça.

A partir 1992, sob a coordenação de Frei Tarcísio José Schuch OFM, primeiramente a Casa Paroquial e, posteriormente, a Igreja Matriz, passaram por uma reforma geral que foi desde a substituição dos pisos e dos telhados, até uma remodelação dos ambientes e instalação de sinos no campanário da igreja.