Criada em 26 de Outubro de 1750 

Em 1747 o Rei de Portugal Dom João V ordenou o transporte de cerca de 4.000 famílias das Ilhas dos Açores, para serem distribuídos em Santa Catarina e até a região do Prata. Foi assim, que no mês dedicado a São José, março de 1750, aconteceu o desembarque de 182 casais no continente próximo ao Desterro dando início ao povoado de São José. Na mesma ocasião Dom João V ordenava aos Bispos de Funchal e Ângra que enviassem, juntamente com os colonos, Sacerdotes para os atenderem. A Comunidade cresceu rapidamente, principalmente em função da abertura da estrada que ligava Desterro ao planalto catarinense (Campos de Lages), tornando-se grande centro de comércio, política e cultura.

A 26 de outubro de 1750 uma Provisão Régia criava a Paróquia de São José, nomeando seu primeiro Vigário, o Pe. José Antônio da Silveira. Nesta época os primeiros habitantes da região já haviam construído no local uma pequena igreja, de pau a pique, que mais tarde foi substituída por outra, de madeira.

Em 1º de maio de 1833, por uma resolução do Conselho do Governo, São José da Terra Firme era elevado à categoria de Vila, acontecendo sua instalação a 16 de maio do mesmo ano. Acredita-se que nesta época já se encontrava construída a atual Igreja Matriz.

Em 03 de maio de 1836, pelo Decreto Imperial nº 415, era elevada à condição de Cidade.

Em 13 de abril de 1844, a Lei Provincial nº 194, cria a da Paróquia de São Pedro de Alcântara, desmembrada da Paróquia de São José.

A 26 de outubro de 1845 São José recebeu a “visita de Sua Majestade Imperial Dom Pedro II e sua esposa Dona Maria Tereza Cristina, Imperadores do Brasil. Nesta oportunidade a igreja matriz recebeu dos ilustres visitantes um significante auxílio financeiro (2.000$000 do Imperador e 1.000$000 da Imperatriz), destinado às obras da igreja matriz, que se encontrava em estado lastimável”. Integrava a Comitiva Imperial nesta ocasião o então Bispo do Rio de Janeiro Dom Manoel do Monte Rodrigues Araújo, que por três vezes crismou naquela igreja matriz.

Em 1º de março de 1846, devido à falta de conservação, “desabou a torre principal, arrastando consigo parte da parede da frontaria e da parede do lado norte, ameaçando, assim, totalmente a segurança do restante do templo”. O que sobrou do templo foi demolido, com exceção do Presbitério. Na reconstrução, foram efetuadas ampliações, com a construção das duas Capelas laterais, toda ornamentada, em estilo colonial português. Segundo o pesquisador Osni Antônio Machado, as dimensões e características da Igreja Matriz hoje ainda existentes são as mesmas constantes do projeto inicial.

Em 1854 novamente a Paróquia de São José tem reduzido seu território, com a criação da Paróquia de S. Amaro, pela Lei Provincial nº 371.

No decorrer da década de 1870, estando praticamente concluída a reforma e ampliação do templo, “foram executados os trabalhos de confecção dos altares, feitos em madeira, com obra de talha simples, mas de grande beleza e sumamente valorizados, por terem sido executados por artesão da própria comunidade, o mestre de carpinteiro Luís Henriques dos Santos Souza”.

A 3 de julho de 1894 nascia na Cidade de São José Dom Jaime de Barros Câmara, que, quando era Reitor do Seminário Menor Metropolitano de Azambuja, foi nomeado Bispo Diocesano de Mossoró (RN); em 15 de setembro de 1941 foi nomeado 5º Arcebispo de Belém do Pará e, a 3 de julho de 1943, Arcebispo do Rio de Janeiro, sendo nomeado Cardeal a 24 de dezembro de 1945. Faleceu, no exercício deste cargo, a 18/02/1971.

Em 1904 a Paróquia foi confiada aos Padres Franciscanos, que alí permaneceram até 1967.

Em 3 de maio de 1921 os anseios da Comunidade são atendidos pela Cúria Metropolitana, sendo novamente desmembrado o território da Paróquia de São José, com a criação da Paróquia do Senhor Bom Jesus de Nazaré de Palhoça, muito embora os atendimentos pastorais continuassem ainda sendo feitos pelos Padres Franciscanos residentes em São José.

Em 26 de outubro de 1941, com a presença do Sr. Arcebispo Metropolitano eram solenemente inauguradas as obras da reforma e melhoria internas da igreja matriz.

Em 23 de novembro de 1944, uma Provisão da Cúria Metropolitana, desmembrava parte do território da Paróquia de São José, constituindo a nova Paróquia de Nossa Senhora de Fátima e Santa Teresinha do Menino Jesus no Estreito.

Em 23 de novembro de 1960 era criada a Paróquia dos Sagrados Corações, em Barreiros.

Nos anos de 1968 e 1969 a necessidade obrigou a execução de novas obras de recuperação geral do templo: grande parte do madeiramento estava comprometido por infiltrações e pela ação de cupins. Foi efetuada nova pintura, em uma cor só, cobrindo totalmente as cores anteriores. Passou também por reforma a torre, que voltou ao seu formato original, que havia sido modificado em reforma coordenada pelos Padres Franciscanos ao assumirem a Paróquia, no início deste século. Nesta ocasião foi também recuperado o coro, cujo assoalho ainda é o primitivo, sustentado por duas peças de madeira maciça, sem emendas desde o chão, onde estão assentadas em base de pedra.

Em 11 de fevereiro de 1970 um Decreto da Cúria Metropolitana cria a Paróquia Santo Antônio, em Campinas, com território totalmente desmembrado de São José.

Em 2 de março de 1985, também com território desmembrado de São José, era criada a Paróquia São Francisco de Assis, de Forquilhinha.

Em 1988 a igreja matriz passou por uma nova reforma, quando foi refeito todo o reboco e pintura externa e interna.