Criada em 25 de Novembro de 1950 

Embora a primeira menção escrita sobre a Capela de São Bonifácio no Livro de Tombo do Curato de Teresópolis, seja datada de 12 de agosto de 1895, por ocasião da Visita Pastoral de Dom José de Camargo Barros, presume-se que a capela tenha sido criada por volta de 1865, com a chegada dos primeiros colonos alemães, vindos de Teresópolis. A iniciativa foi dos Padres alemães, que atendiam a toda esta região, que passou a ser conhecida como Capela de São Bonifácio do Alto Capivary.

O primeiro Sacerdote que ali trabalhou foi Pe. Guilherme Roer, nascido em Warendorf, na Alemanha, que chegou a Capivari em 1862. Mas quem mais se dedicou à comunidade foi Pe. Francisco Giesberts, que era Coadjutor do Curato de Teresópolis, em 1918. Foi ele que, em nome da Comunidade Católica de São Bonifácio, adquiriu um terreno com área de 25 mil m², destinado à construção de uma nova igreja e casa paroquial. O primeiro padre residente foi Pe. Auguto Schwirling, 1909.

Em 25 de novembro de 1950, um Decreto da Cúria Metropolitana criava a “Paróquia amovível de São Bonifácio, que era entregue aos cuidados da Congregação dos Padres dos Sagrados Corações”. Seu primeiro Pároco foi Pe. Deodato Koopmans SS.CC., que tomou posse no dia 8 de dezembro do mesmo ano e ali permaneceu até sua morte, em 24/09/69, sendo sepultado no interior da Igreja Matriz. Foi ele o responsável pela construção da nova Igreja Matriz, que foi inaugurada oficialmente em 19 de março de 1956. Em 1962, pela Lei nº 840, de 23 de agosto, era criado o Município de São Bonifácio. Anos mais tarde, em seis de junho de 1970, assumia a Paróquia, Pe. Sebastião van Lishout, SS.CC., que alí permaneceu até 1992, quando, já idoso e muito doente (diabetis), retornou a sua terra natal, a Holanda.

Em 1992, por falta da Sacerdotes, a Congregação dos padres dos Sagrados Corações, devolveu à Arquidiocese a paróquia, que passou a ser assistida pelos Padres diocesanos. Após um curto período sem Pároco nomeado, em 29 de janeiro de 1993 assumia Pe. Timóteo José Steinbach (93), seguindo-se de Pe. Valdir Staehelin (94-97) e Pe. Darcísio Schappo (a partir de 97).