Filho de Karl e Catarina Becker; aos 8 anos emigrou para o sul do Brasil, vindo de Sankt Wendel na Alemanha, região do bispado de Trier, junto com seus pais, que se estabeleceram em São Vendelino, no Vale do Caí.
Seu pai sempre desempenhou a função de professor primário, desde cedo introduzindo o filho na vida estudantil. Dotado de rara inteligência, ajudava o pai nas tarefas de tomar as lições dos alunos, ele mesmo, às vezes, explicando-as. Tendo estudado em particular com os Jesuítas, matriculou-se depois no tradicional Colégio Nossa Senhora da Conceição, em São Leopoldo. Cursou os preparatórios exigidos para os cursos de Medicina e Direito.
Aos 21 anos, em 1891 matriculou-se na primeira turma do Seminário Diocesano de Porto Alegre (onde hoje se encontra a Cúria Metropolitana de Porto Alegre), naquele ano inaugurado por Dom Cláudio José Ponce de Leão.
Brilhante aluno de Filosofia, onde defendeu teses elogiadas pelo grande jesuíta Pe. Jacob Faeh, em 1893 matriculou-se nos estudos teológicos. Concluída a formação acadêmica, recebeu as ordens do Subdiaconato e Diaconato em 30 de novembro de 1894 e 30 de novembro de 1895, respectivamente.
Bispo de Florianópolis
Dom João Becker foi empossado na Diocese de Florianópolis em 12 de outubro de 1908.
Em janeiro de 1912, Dom João Becker promoveu um Congresso Sacerdotal para tratar de assuntos disciplinares, quando foi organizada uma “Tabela Diocesana” e o “Regimento de Custas da Câmara Eclesiástica”. O tema disciplinar já havia sido tratado no 1º Sínodo Diocesano, realizado de 31 de janeiro a 2 de fevereiro de 1910 em Florianópolis. O 1º Sínodo dividiu o Bispado em 10 Comarcas, substituindo as antigas 4, que não mais atendiam às necessidades pastorais.
Desde o início de seu episcopado incentivou as Escolas Paroquiais. Dom João Becker dedica sua Carta Pastoral de 1910, afirmando que não há uma verdadeira paróquia sem uma Escola Paroquial. A insistência no ensino deve ser creditada em boa parte à inexistência de Instrução religiosa nas Escolas oficiais, face à separação entre Igreja e Estado, operada pela República em 1890.
Outras Cartas Pastorais, que totalizaram cinco: Sobre a dignidade e os deveres do Bispo, saudando os diocesanos (1908), Sobre a Ação Social (1911) e a de Despedida em 1912. Dom João Becker dava extrema importância às Cartas Pastorais, praticamente escrevendo uma a cada grande momento que surgia na vida eclesial ou nacional. As escritas em Porto Alegre são volumosas, vendidas nas Livrarias como livros de leitura e de instrução.
Para melhor conhecer seu rebanho, por 12 vezes saiu em Visita Pastoral, visitando todas as Paróquias uma vez e boa parte pela segunda.
Criou as novas paróquias de Canoinhas, Nova Veneza, Luiz Alves, Botuverá e Jaraguá do Sul, todas em 1912. E os Curatos de Cocal, em 1910; Massaranduba, em 1911, Ascurra, em 1912 e Rio dos Cedros, em 1913. Incentivou as comunidades de imigrantes que estavam crescendo muito naquela região; trouxe muitos religiosos para essas comunidades, inclusive o clero nacional era quase inexistente.
