Por um decreto datado de 25 de novembro de 1949, Dom Joaquim Domingues de Oliveira criava o Arquivo Histórico Eclesiástico de Santa Catarina. Tem como principais objetivos reunir, catalogar e sistematizar os documentos e objetos de real valor relativos principalmente à vida religiosa do Estado, os quais correm sérios riscos de se desviarem ou desaparecerem.

O arquivo está a cargo da Mitra Metropolitana de Florianópolis, sendo de competência do Arcebispo Metropolitano a delegação de poderes às pessoas de sua confiança para executarem os trabalhos necessários ao atendimento dos objetivos.

Quando da data de criação, a sede do arquivo era à Rua Arcipreste Paiva, na Catedral Metropolitana. Mais tarde, por volta de 1966, foi transferido para a Avenida Rio Branco, 154, e somente a partir de 1968 funciona nas dependências da Cúria Metropolitana, na Rua Esteves Júnior, 447.

Desde a fundação até hoje, o arquivo conseguiu reunir e preservar inúmeros documentos de inestimável valor para a história.

Anteriormente à Proclamação da República dos Estados Unidos do Brasil, todos os registros de nascimentos, casamentos e óbitos eram feitos pela Igreja. Assim, somente no arquivo podem ser encontrados dados referentes a pessoas nascidas no atual território da Arquidiocese de Florianópolis, no período compreendido entre 1751 a 1889.
De todos os livros, o mais antigo é o de casamentos, da Paróquia Nossa Senhora do Desterro – Catedral Metropolitana, que iniciou em 1714. Já o mais antigo livro de registro de batismo desta mesma paróquia inicia em 1751.

Além desses livros, o acervo é integrado por inúmeros e valiosos documentos que contam a história da Igreja em Santa Catarina, principalmente a partir da criação do Bispado de Florianópolis que data de 1908.